A igreja foi construída com paredes espessas de calcário e óleo de baleia
Possui pequenas frestas nas paredes laterais e de frente ao estuário, chamadas seteiras, que permitiam a passagem de flechas para fora.
Em 1531, o português Martim Afonso de Souza chegou a Cananéia e encontrou um vilarejo já erguido por Gomes Fernandes .
Em 1577, foi construída a Igreja de São João Batista em Cananéia, São Paulo, para se defender de ataques de piratas. A igreja foi erguida na praça central da cidade.
Em 1600, Cananéia foi elevada à vila com o nome de São João Batista de Cananéia. A Igreja de São João Batista, construída no século XVI pelos jesuítas, está localizada no local onde hoje é a Praça Martim Afonso.
A história da igreja está ligada a vários conflitos com piratas holandeses e ingleses.
Em 1531, o português Martim Afonso de Souza chegou a Cananéia e encontrou um vilarejo já erguido por Gomes Fernandes.
• A paróquia serviu como ponto de apoio para os bandeirantes em suas expedições ao interior
• Durante o ciclo do ouro, muitos mineradores vinham pedir proteção ao santo padroeiro antes de partir para Minas Gerais.
• O primeiro vigário residente, Pe. Antônio de Oliveira, assumiu em 1583
• A igreja já foi danificada por ataques de piratas e tempestades, sendo sempre reconstruída pela fé da comunidade.