Pensada também como estrutura de defesa, a igreja possui pequenas frestas nas paredes laterais e na parte frontal voltada para o estuário, conhecidas como seteiras, que permitiam a passagem de flechas para fora, protegendo a população contra invasões. A história da paróquia se entrelaça com a própria formação de Cananéia. Em 1531, o português Martim Afonso de Souza chegou à região e encontrou um vilarejo já estabelecido por Gomes Fernandes, o que demonstra que a área já tinha importância antes mesmo da construção da igreja. Em 1600, Cananéia foi oficialmente elevada à categoria de vila com o nome de São João Batista de Cananéia, consolidando a igreja, localizada onde hoje é a Praça Martim Afonso, como o centro religioso e social da comunidade. Ao longo dos séculos, a Igreja de São João Batista esteve diretamente ligada a diversos conflitos, especialmente ataques de piratas holandeses e ingleses, que marcaram a história do litoral paulista. Mesmo sofrendo danos causados por invasões e tempestades, o templo foi sempre reconstruído, sustentado pela fé e união da população local. Além de seu papel religioso, a paróquia teve grande importância histórica. Serviu como ponto de apoio para bandeirantes em suas expedições ao interior do Brasil e, durante o ciclo do ouro, recebeu muitos mineradores que buscavam a proteção do santo padroeiro antes de seguir viagem rumo a Minas Gerais. O primeiro vigário residente, padre Antônio de Oliveira, assumiu a paróquia em 1583, fortalecendo a organização da vida religiosa na vila. Assim, a Igreja de São João Batista permanece como um testemunho vivo da fé, da resistência e da história de Cananéia, atravessando séculos como um marco da colonização e da identidade cultural da região.